Родился 2-го апреля 1840 года в Париже, в итало-французской семье: итальянцем был отец, инженер-строитель. Детские и школьные годы Эмиль провел в Экс-ан-Провансе, где одним из его ближайших друзей был художник П. Сезанн. Ему было неполных семь лет, когда отец скончался, оставив семью в бедственном положении.
Свою литературную деятельность Золя начал как журналист (сотрудничество в "L' Evenement", "Le Figaro", "Le Rappel"), многие из его первых романов - типичные "романы-фельетоны" ("Марсельские тайны" - "Les mysteres de Marseille", 1867). На всём последующем протяжении своего творческого пути Золя сохраняет связь с публицистикой (сборник статей: "Mes haines", 1866, "Une campagne", 1881, "Nouvelle campagne", 1886). Эти выступления - знак его активного участия в политической жизни.
Как высшая точка политической биографии Золя должно быть отмечено его участие в деле Дрейфуса, которое обнажило противоречия Франции 1890-х годов, - знаменитая статья "J'accuse" ("Я обвиняю"), за которую писатель заплатил изгнанием в Англию (1898).
29-го сентября 1902 года Золя скончался в Париже от отравления угарным газом, по официальной версии - из-за неисправности дымохода в камине.