В начале 1862 Эмиль сумел найти место в издательстве «Ашет». Проработав около четырех лет, он уволился в надежде обеспечить свое существование литературным трудом. В 1865 Золя опубликовал первый роман — жесткую, слабо завуалированную автобиографию Исповедь Клода (La Confession de Claude, 1865). Книга доставила ему скандальную известность, которую еще более умножила горячая защита живописи Э. Мане в его обзоре художественной выставки 1866.
Примерно в 1868 у Золя возник замысел серии романов, посвященных одной семье (Ругон-Маккаров), судьба которой исследуется на протяжении четырех-пяти поколений. Разнообразие романных сюжетов давало возможность показать многие стороны французской жизни в период Второй империи. Первые книги серии не вызвали большого интереса, зато седьмой том, Западня (L’Assommoir, 1877), снискал большой успех и принес Золя как славу, так и богатство. Он приобрел дом в Медоне около Парижа и собрал вокруг себя молодых писателей (среди них были Ж. К. Гюисманс и Ги де Мопассан), образовавших недолговечную «натуралистическую школу».
Последующие романы серии были встречены с громадным интересом —
их с одинаковым усердием поносили и превозносили. Двадцать томов цикла Ругон-Маккары представляют собой главное литературное достижение Золя, хотя необходимо отметить и написанную ранее Терезу Ракен (Thérèse Raquin,
1867) — глубокое исследование чувства раскаяния, постигающего убийцу и
его сообщницу. В последние годы жизни Золя создал еще два цикла: Три города (Les Trois Villes,
Золя стал первым романистом, создавшим серию книг о членах одной
семьи. Его примеру последовали многие, в т. ч. Ж. Дюамель (хроники
Паскье), Д. Голсуорси (Сага о Форсайтах) и Д. Мастерс (книги о
Сэвиджах). Одной из причин, побудивших Золя избрать структуру цикла,
было желание показать действие законов наследственности. Ругон-Маккары
являются отпрысками слабоумной женщины, которая умирает в последнем
томе серии, достигнув столетнего возраста и полностью лишившись
рассудка. От ее детей — одного законного и двух незаконных — берут
начало три ветви рода. Первая представлена процветающими Ругонами,
члены этой семьи фигурируют в таких романах, как Его превосходительство Эжен Ругон (Son Excellence Eugène Rougon, 1876) — исследование политических махинаций в царствование Наполеона III; Добыча (La Curée, 1871) и Деньги (L’Argent,
1891), где речь идет о спекуляциях земельной собственностью и ценными
бумагами. Вторая ветвь рода — семейство Муре. Октав Муре, честолюбивый
волокита в Накипи (Pot-Bouille, 1882), создает один из первых парижских универмагов на страницах Дамского счастья (Au Bonheur des dames,
1883), тогда как другие члены семьи ведут более чем скромную жизнь,
подобно деревенскому священнику Сержу Муре в загадочном и поэтичном
романе Проступок аббата Муре (La Faute de l’Abbé Mouret,
1875). Представители третьей ветви, Маккары, отличаются крайней
неуравновешенностью, поскольку их предок Антуан Маккар был алкоголиком.
Члены этой семьи играют выдающуюся роль в самых сильных романах Золя —
таких, как Чрево Парижа (Le Ventre de Paris, 1873), где воссоздана атмосфера центрального рынка столицы; Западня, в которой суровыми тонами изображается жизнь парижских рабочих
Ко времени завершения цикла (1903) Золя пользовался всемирной
известностью и, по общему мнению, был крупнейшим после В. Гюго писателем
Франции. Тем более сенсационным было его вмешательство в дело Дрейфуса
28 сентября 1902 Золя скоропостижно умер в своей парижской квартире. Причиной смерти стало отравление угарным газом — «несчастный случай», скорее всего, подстроенный его политическими врагами.